大豆肽的生产原料是大豆粕，其中富含粗蛋白质、氨基酸、酸溶蛋白等主要营养成分，以及大豆球蛋白、β-伴大豆球蛋白、胰蛋白酶抑制因子、水苏糖、棉籽糖等抗营养因子含量；其中球蛋白和糖类物质水溶性不稳定，相对热稳定性较好，容易形成胶体或乳液，粗蛋白也容易和金属离子或酸碱离子形成凝结，导致整体大豆粕制备的粗提取物-----大豆肽难过滤。

在使用大豆粕生物酶解技术生产大豆肽的关键难题有两大方向，其一是如何增加大豆蛋白的酶解效率，就是让大豆蛋白更多的触碰活性生物酶；其二就是如何增加酶解液的分离效果，即让各种分子之间更容易相对移动，让多种物质的成胶体性和交联性能下降，不再互相纠缠成小分子团。

酶解产物的大豆肽液，需要控制pH值和体系稳定性，以便在后续过滤过程中使大豆肽难过滤这个问题得到最佳解决效果。同时，大豆蛋白酶解后产生不同分子段的肽链，其中大部分都具有多个分支，容易形成耦合或通过分子键连接成较大的松散结构，因此在分离和过滤的时候容易堵塞滤孔或滤材，通过超滤膜选择性分子量分离膜时也容易形成堵塞。

       针对上述情况可以通过复合酶解技术对不同的蛋白分子、多糖分子、粗纤维等进行酶切形成二维小分子结构最大程度避免三维结构造成的交联产生，以降低大豆肽液的粘度，同时提高其过滤效果；同时，我们可以采用不同孔径的多级过滤方式，最后采用3个截留尺度的分子超滤膜进行产品的纯化分离。

复合酶解技术的运用可以大大提高生产过程中的过滤效率，同时可以进行大豆肽产品的精细化加工，产生抗氧化、抗炎症等特殊功能的专属肽产品。目前完全掌握该项技术的国内企业较少，属于比较高端的精密生化生产技术。

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