木瓜蛋白酶是一种水解蛋白质能力高的酶。它在酸性、中性和碱性环境中都可以水解蛋白质。木瓜蛋白酶主要提取自尚未成熟的番木瓜，番木瓜在我国广东、广西、云南等地多有栽培。木瓜蛋白酶可以水解动植物蛋白质得到肽和其他物质。因此，木瓜蛋白酶在食品中有着较好的应用。

木瓜蛋白酶可以在饼干生产过程中起到松化剂的作用。木瓜蛋白酶的作用温度在15℃~85℃，适宜pH在7~8，所以木瓜蛋白酶适用于大多数饼干的生产加工。相比于其他蛋白酶，木瓜蛋白酶具有很高的适应能力，运输方便，且木瓜蛋白酶在常温下也可以储存。

众所周知，蛋白质是通过肽链的盘绕和折叠形成的，肽链是通过特定的排列顺序连接不同种类的氨基酸形成的，相邻氨基酸之间通过肽键连接。而木瓜蛋白酶的作用位点就是肽键。木瓜蛋白酶通过水解蛋白质的肽键使肽链多出断裂，从而使蛋白质结构变得松弛，降低面筋的筋度。木瓜蛋白酶能将面团中的蛋白质水解成小肽和氨基酸，使氨基酸外露，运用于饼干生产加工中，可以使饼干表面色泽金黄鲜艳。除此之外，木瓜蛋白酶水解蛋白质的肽键后，其蛋白质中的二硫键仍然存在，所以在每段的二硫键的牵拉下断裂的肽段重新排列，所以这样生产出的饼干层次分明、孔洞适中、口感松脆。

木瓜蛋白酶除了上述功能外，还具有其他用途。由于油和糖的分子量比蛋白质小，在和面过程中，油和糖分子会进入蛋白质分子内，此时加入木瓜蛋白酶水解肽键会使进入蛋白质分子内的油和糖浮在表面，使生产后的饼干表面油润、甜味，从而减少饼干生产过程中油和糖的量，达到降低生产成本的目的。

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